倒置熒光顯微鏡，是指與一般顯微鏡相比，其物鏡、聚光鏡和光源的位置都顛倒過來，由熒光附件與顯微鏡有機結(jié)合構(gòu)成的顯微鏡。激發(fā)光從物鏡向上落射到標(biāo)本表面，被反射到物鏡中并聚集在樣品上，樣品所產(chǎn)生的熒光以及由物鏡透鏡表面、蓋玻片表面反射的激發(fā)光同時進入物鏡，經(jīng)雙色束分離器使激發(fā)光和熒光分開而成像。物鏡和聚光鏡的工作距離很長，能直接對培養(yǎng)皿中的被檢物體進行顯微觀察和研究。適用于土壤微生物培養(yǎng)實驗，具有在培養(yǎng)瓶或培養(yǎng)皿內(nèi)進行顯微觀察的特點，可以觀察不經(jīng)染色的透明活體。特別適用于對活體細胞和細胞離體培養(yǎng)等顯微觀察。

倒置熒光顯微鏡由熒光附件與倒置顯微鏡有機結(jié)合構(gòu)成的，主要用于細胞等活體組織的熒光、相差觀察。倒置熒光顯微鏡是為適應(yīng)生物學(xué)、醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域中的組織培養(yǎng)、細胞離體培養(yǎng)、浮游生物、環(huán)境保護、食品檢驗等顯微觀察。由于這些活體被檢物體均放置在培養(yǎng)皿(或培養(yǎng)瓶)中，這樣就要求倒置顯微鏡的物鏡和聚光鏡的工作距離很長，能直接對培養(yǎng)皿中的被檢物體進行顯微觀察和研究。因此，物鏡、聚光鏡和光源的位置都顛倒過來，故稱為"倒置顯微鏡"。倒置顯微鏡多用于無色透明的活體觀察，在倒置顯微鏡的基礎(chǔ)上添加一套熒光附件：激光激發(fā)塊，熒光光源，熒光照明器，激發(fā)塊切換裝置，即可進行倒置熒光觀察。