數(shù)碼顯微鏡"實(shí)際上就是在光學(xué)顯微鏡的基礎(chǔ)上加了一個數(shù)碼成像裝置，可以將顯微鏡所成的像，在電腦屏幕上直接顯示出來，其基礎(chǔ)還是光學(xué)顯微鏡，和電子顯微鏡的成像原理是由根本區(qū)別的。在這里，我們要區(qū)別分辨率和放大倍數(shù)的問題。細(xì)微物體在放大成像時，其高分辨率取決于反射的光波的波長，波長越短，分辨率就越高，電子顯微鏡是利用了波長比普通可見光短得多的X射線成像，當(dāng)然具備很高的分辨率，而普通“數(shù)碼顯微鏡”的放大倍數(shù)可以很大，但分辨率是無法提高的。
光學(xué)顯微鏡的分辨率與光波的波長有關(guān)。對于接近和小于光波波長的物體，光學(xué)顯微鏡就無能為力了。電子運(yùn)動的波長比光波波長短得多，就可以看到更細(xì)小的物體。光學(xué)顯微鏡是由一組光學(xué)鏡頭組成的放大成像系統(tǒng)，而電子顯微鏡有電子流代替可見光，由磁場代替透鏡，讓電子運(yùn)動代替光子，這樣就可以看到比光學(xué)系統(tǒng)能看到的更小的物體。
電子顯微鏡是以電子束為照明源，通過電子流對樣品的透射或反射及電磁透鏡的多級放大后在熒光屏上成像的大型儀器，而光學(xué)顯微鏡則是利用可見光照明，將微小物體形成放大影像的光學(xué)儀器。概括起來，電子顯微鏡與光學(xué)顯微鏡主要有以下幾個方面的區(qū)別：
1、照明源不同。電鏡所用的照明源是電子槍發(fā)出的電子流，而光鏡的照明源是可見光（日光或燈光），由于電子流的波長遠(yuǎn)短于光波波長，故電鏡的放大及分辨率顯著地高于光鏡。
2、透鏡不同。電鏡中起放大作用的物鏡是電磁透鏡（能在中央部位產(chǎn)生磁場的環(huán)形電磁線圈） ，而光鏡的物鏡則是玻璃磨制而成的光學(xué)透鏡。電鏡中的電磁透鏡共有三組，分別與光鏡中聚光鏡、物鏡和目鏡的功能相當(dāng)。
3、成像原理不同。在電鏡中，作用于被檢樣品的電子束經(jīng)電磁透鏡放大后達(dá)到熒光屏上成像或作用于感光膠片成像。其電子濃淡的差別產(chǎn)生的機(jī)理是，電子束作用于被檢樣品時，入射電子與物質(zhì)的原子發(fā)生碰撞產(chǎn)生散射，由于樣品的不同部位對電子有不同的散射度，故樣品電子像以濃淡呈現(xiàn)。而光鏡中樣品的物像以亮度差呈現(xiàn)，它是由被檢樣品的不同結(jié)構(gòu)吸引光線多少的不同所造成的。
4、所用標(biāo)本制備方式不同。電鏡觀察所用組織細(xì)胞標(biāo)本的制備程序較復(fù)雜，技術(shù)難度和費(fèi)用都較高，在取材、固定、脫水和包埋等環(huán)節(jié)上需要特殊的試劑和操作，后還需將包埋好的組織塊放入超薄切片機(jī)切成50~100nm厚的超薄標(biāo)本片。而光鏡觀察的標(biāo)本則一般置于載玻片上，如普通組織切片標(biāo)本、細(xì)胞涂片標(biāo)本、組織壓片標(biāo)本和細(xì)胞滴片標(biāo)本等。